Сергій Маслобойщиков народився 18 серпня 1957 року в місті Києві. Закінчив Київський художній інститут (1981, майстерня Данила Лідера), Київський державний інститут театрального мистецтва ім. І. Карпенка-Карого (1987) та Вищі курси сценаристів і режисерів (1989, майстерня Романа Балаяна) у Москві.
Працював художником у театрах Києва і Львова. Багато працює як режисер у театрах Угорщини.
Як актор Маслобойщиков працював у фільмах: «Жодного дня без пригод» (1972), «Доміно» (1973, т/ф), «Земні та небесні пригоди» (1974, Рома), «Острів юності» (1976).
Автор сценаріїв і режисер кінокартин: «Сільський лікар» (1988), «Інший» (1989; Фільм отримав приз за режисуру на Міжнародному фестивалі студентських фільмів в Москві; За розвиток кіномови, високі естетичні якості, роботу з акторами, найкращий ігровий фільм на фестивалі «Франція-Україна»), «Співачка Жозефіна й Мишачий Народ» (1994; Картина отримала приз за найкраще пластичне вирішення на кінофестивалі «Кіношок-94» Анапа, Росія; Приз за найкращий повнометражний ігровий фільм Міжнародного кінофестивалю «Молодість-94», у Києві; Приз за режисуру Каїрського МКФ, у Єгипті, 1995; Другий приз за режисуру кінофестивалю «Література і кіно» в Гатчині Росії), «…Від Булгакова» (1999), «Данило Лідер» (2000), «Шум вітру» (2002), «Люди Майдану/People from Maydan. NEVSEREMOS!» (2005, документальний фільм), «Український аргумент» (2014), та інш…
Маслобойщиков є автором багатьох театральних (драматичних, оперних) вистав в театрах України та Угорщини, лауреатом міжнародних мистецьких премій.
Член Національної спілки кінематографістів України, Національної спілки театральних діячів України, Національної спілки художників України.
